石硖龙眼原种出自广西壮族自治区平南县大新镇。平南县的108株石硖龙眼母树是早年留学日本早稻田大学的覃敬清先生在1929年选育的龙眼优质品种。
相传在平南大新镇新和街，有一座高大的石山，石山下有一颗龙眼树，果质很好，当地人称为“长寿果”。上世纪20年代，大新上垌村举人覃竹饶之子覃敬清，留学日本早稻田大学，毕业回国后，他带回一些黄榄、银稔良种，在大新购置了近千亩土地，辟为果园。一天，听母亲提到新和石山的“长寿果”，他便去察看。来到石山，细看那棵龙眼树，树从石缝之间钻出，树干有碗口粗，树冠像大伞，树叶青绿茂密，果满枝头。摘下几颗“长寿果”品尝，果大肉厚，晶莹剔透，爽脆清甜，而且糖分高水分少，果真为果中珍品。覃敬清如获至宝。后来，他利用在日本留学时学到的果树嫁接技术，用石山上的那棵龙眼树，成功嫁接培植了108株龙眼树苗。这108棵龙眼树，便是广西石硖龙眼的母本树，现存于母本园中，由广西三桂食品有限公司代管。
母本园所在地叫大南农场，也叫中举岭。三桂食品有限公司的董事长王德成是本地人，生于大新镇北段村，后移居香港。对石硖龙眼的“嫡祖”，他有自己的看法：“龙眼原产中国，已有2000多年的种植历史，品种有乌圆、石硖、水眼、米仔眼、圆眼等等，其中以石硖龙眼最为出名。‘石硖’这一名称的由来有多种说法：有人认为石硖也即石夹，最早的石硖龙眼树是从大石缝中长出来的，由于树根被大石夹住，只好往深土层里钻，树根吸收了地下的精气，结出来的龙眼果就特别好吃；有人则认为石硖龙眼肉质脆爽，外形略扁，样子像小石子，所以叫石硖。香港、广东、广西都有优质石硖龙眼的出产地，像广州市海珠区一些村庄种植石硖龙眼的历史有一百多年，清朝就有记载。平南的品种，应该是从广东传过来的。”
王德成说，小时候当地龙眼并不叫石硖龙眼，本地人都叫沙囊龙眼。上世纪80年代，广东种植户来母本园参观、品尝之后认定，沙囊龙眼和东莞的石硖龙眼是同一品种，于是沙囊龙眼改叫石硖龙眼。
